In epoca tarda anche gli organi interni subirono il processo di mummificazione e di avvolgimento con bende di tela per poi essere reintrodotti nell'addome ma i vasi canopi, anche se ormai privi di utilità pratica, continuarono ad essere deposti nelle tombe.
Dopo l'asportazione degli organi, si procedeva alla disidratazione del corpo, immergendolo per un periodo di circa 40 giorni in natron, un sale di sodio esistente in natura che si depositava nelle pozze di esondazione del Nilo
Gli organi interni rimossi venivano conservati all'interno di speciali vasi, detti vasi canopi, chiamati così da Canopo, una città sul delta del Nilo, aventi le fattezze dei quattro figli di Horus. Questi vasi venivano deposti nella tomba durante i riti funebri e consegnati con il defunto alla nuova vita eterna. Secondo le scritture, il cuore veniva poi pesato su una bilancia da Anubi, confrontandolo con una piuma, simbolo di "leggerezza dell'anima", quindi di giustizia.
Questo lavoro era affidato a specialisti che lavoravano in laboratori appositamente attrezzati, in prossimità del Nilo o di uno dei suoi canali (per i diversi lavaggi che subiva il corpo durante le diverse fasi del lavoro). Il completamento del processo di imbalsamazione richiedeva circa 70 giorni, circostanza che permetteva anche di completare la tomba del defunto.
Il primo passo del processo consisteva nella rimozione dal corpo degli organi interni, la cui presenza avrebbe potuto accelerare il processo di putrefazione. Il cervello veniva rimosso dalla scatola cranica grazie ad uncini metallici inseriti attraverso le narici. Polmoni, stomaco ed intestini venivano rimossi attraverso un'incisione sull'addome. L'unico organo che non veniva rimosso era il cuore che veniva considerato la sede dell'anima.
Al termine di questa fase il cadavere si presentava completamente disidratato seppur ancora riconoscibile. L'incisione addominale veniva allora coperta con una placca metallica detta l'occhio di Horo.
Al termine di queste operazioni il corpo veniva strettamente avvolto con strisce di tela di lino spesso impregnate di resina; questo passaggio era molto importante sia per una durata lunga, sia per una buona presentazione del corpo.