Desde la Ciudad de México, Malinalco se encuentra a una distancia de 99 kilómetros por la ruta libre a Toluca, vía La Marquesa. Desde ese punto se debe tomar la carretera hacia la población de Tenango del Valle. A la altura de la comunidad de Jajalpa está la desviación que conduce a Malinalco, cuya carretera llega a Joquicingo, El Guarda, el Club de Golf, San Sebastián y San Nicolás.

También se puede acceder por la ruta del Santuario de Chalma. No obstante, es mucho mas larga y sinuosa, debido a lo complicado de la carretera por las curvas, y porque al transitar por poblados se debe circular a una menor velocidad.

De ciudad de Toluca, capital del Estado de México, se localiza a 70 kilómetros siguiendo la vía Tenango del Valle-Ciudad de México. Hay que transitar hacia la población de Jajalpa y seguir la ruta descrita con anterioridad.

Toponimia o significado del lugar
La Zona Arqueológica de Malinalco es conocida localmente como El Cerro de los Ídolos. Malinalco significa lugar donde se adora a Malinalxochitl, que es la diosa mexica responsable de la hechicería, adivinanzas y otras artes oscuras, quien también fue hermana del dios Huitzilopochtli.